数値等は攻略wikiに転載してもらって構いません。
(何らかの事情でメンテナンスできなくなる可能性もありますので…)

与ダメを測定するには
「ベルクト法」と名付けたため、ベルクトを撃つしかないと思っている方もいるようですが、
与ダメ(測定値) = 1発当てた時の得点 * 敵HP / (敵ポイント*0.75)
この式をどの敵に当てはめてもOKです。

後ろの部分は固定(定数)なので、例えばMiG-29を撃った場合なら必ず
与ダメ = 1発当てた時の得点 * 1.641
になります。

ベルクトを撃った場合は必ず
与ダメ = 1発当てた時の得点 * 1
であるため、撃った点数がそのまま与ダメを表すという事です。
(計算の手間が無くて楽なことは楽です。)

機体別補正値を特定するには
まず、機体別補正値=0と仮置きして与ダメ(理論値)を計算します。

例えばZipang(Lv5 弾頭無し)の場合、対空与ダメは
(550 +(0+5+0)*50) *1.6 = 1280
となるはずです。

しかし、ベルクトを撃ってみると得点(=与ダメ)は1360となり、先ほどの1280と一致しません。

そこで、機体別補正値を入れて再度理論値を計算し直します。1だろうと当たりを付けてみると
(550 +(1+5+0)*50) *1.6 = 1360
となり、機体別補正値=1が求まりました。

撃破判定について
下記の与ダメはわずかに上のラインの敵を1(2)確できるとの情報があります。

2496,1248*2 -> HP2500 (99.84% HP残4)
http://kanae.2ch.net/test/read.cgi/gamestg/1429103710/244-
http://kanae.2ch.net/test/read.cgi/gamestg/1429103710/336-

1995 -> HP2000 (99.75% HP残5)
Multi 750 Lv12 +L (「補足」コメント欄)

1593 -> HP1600 (99.56% HP残7)
http://kanae.2ch.net/test/read.cgi/gamestg/1429103710/604-

896*2 -> HP1800 (99.56% HP残8)
http://kanae.2ch.net/test/read.cgi/gamestg/1428643541/713-

3285 -> HP3300 (99.55% HP残15)
http://gwiki.orz.hm/acinf/?%E6%A9%9F%E4%BD%93%2F%E6%80%A7%E8%83%BD%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%2F%E3%82%B3%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%88

1592 -> HP1600 (99.50% HP残8)
http://kanae.2ch.net/test/read.cgi/gamestg/1428643541/696-
http://kanae.2ch.net/test/read.cgi/gamestg/1427159930/728-

2388 -> HP2400 (99.50% HP残12)
http://kanae.2ch.net/test/read.cgi/gamestg/1428880497/516-

1890 -> HP1900 (99.47% HP残10)
Multi 600 補正+1 Lv10 +L (「データ」コメント22)

1881 -> HP1900 (HP残19)
Multi 350 補正+2 HPAA Lv2 +M (「補足」コメント12)

1785 -> HP1800 (99.17% HP残15)
Multi 625 Lv14 弾頭無し (「補足」コメント5)

1584 -> HP1600 (99.00% HP残16)
Attacker 725 4AGM Lv2

逆に以下は撃破できない例です。
1190*2 -X-> HP2400 (99.17% HP残20)
Multi 725 Lv1 +S

1980 -X-> HP2000 (99.00% HP残20)
F-15S/MTD LAGM Lv5 弾頭M+複合S (「データ」コメント30)

割合ではなく、HPを20より減らせば(19以下?)撃破になると思われます。

MTSMについて
他の特殊兵装はLv5で+3なのですが、MTSMはLv5で+10との検証報告がありました。
兵装倍率は標準ミサイルと同じ(対空=1.4、対地=1.2)です。
Lv1~Lv4については情報募集中です。
http://kanae.2ch.net/test/read.cgi/gamestg/1429348632/253-
(287,329,337,338,342,393,419,440,467,479)

LAAMについて
今のところLv1での与ダメ報告しかありませんが、兵装倍率はHPAAと同じ3.2で
LAAMの与ダメ = HPAAの与ダメ-300
との結果が出ています。
http://kanae.2ch.net/test/read.cgi/gamestg/1429348632/481- (546,588)
http://kanae.2ch.net/test/read.cgi/gamestg/1429518222/190-

TDM(艦隊攻略戦)の敵HP
とどめボーナスは無く、得点は削った分に比例
(イージス(5500P)に2発撃って得点が600点なら約11%削ったという事)

艦載兵器は固定HPで以下の通り
1600 CIWS
2400 SHIPS GUN
4000 SAM
4000 VLS

艦船は可変HP(おそらく参加者の平均レートか何かを元に係数が掛かる)
艦船同士の比率は決まっていて
1 AEGIS,FRIGATE,DESTROYER
3 BATTLE CRUISER
8 AIRCRAFT CARRIER
AEGISが大体2~5万くらい(アタッカーのミサイル20発程度)の値で変動する模様